Op Werenfridus werken ongeveer 160 mensen. De schoolleiding bestaat uit een rector en drie conrectoren en stuurt de organisatie aan. Iedere conrector is verantwoordelijk voor een van de drie afdelingen ((t)-havo, vwo en t-vwo) en beheert een aantal portefeuilles. Het onderwijzend personeel (OP) vormt natuurlijk de grootste groep medewerkers binnen Werenfridus. Hieronder vallen ook de afdelingscoördinatoren (aco's), zij zijn het eerste aanspreekpunt voor ouders en leerlingen. Naast alle docenten zijn er ook mensen (OOP) die de organisatie ondersteunen in de breedste zin van het woord.

Bekijk voor de organisatiestructuur van Werenfridus het organogram.